Almaciles es población antigua y fue propiedad de los Serrano, una acaudalada familia de Huéscar. El capitán Pedro Serrano, señor de Almaciles, junto con su mujer Quiteria Nieto, mandaron construir la iglesia o ermita de San Antonio Abad y en ella el panteón donde quiso ser enterrado. La iglesia fue bendecida el 9 de mayo de 1586 por Diego de la Calzada obispo de Salónica, visitador general de la archidiócesis de Toledo, con permiso de Gaspar de Quiroga y Vela, arzobispo de Toledo.

En 1793 la población comprendía 78 cortijos con otros tantos vecinos (esto es, familias) y un total de 277 «personas de comunión». Ese mismo año de 1793 (1787 según otras fuentes) la ermita fue erigida en parroquia rural, con cura propio y con el nombre de San Antonio de los Almaciles por el arzobispo de Toledo, Francisco Antonio de Lorenzana que puso al frente de la misma al licenciado Pascual Donaire Candeal. A su muerte, el mismo rey Carlos IV, puso al frente de la parroquia a Francisco Javier Tabernero.

El primer bautismo se celebró el 16 de noviembre de 1787 para un niño al que se impuso el nombre de Luis Antonio Quintín.


Almaciles formó parte del término municipal de Huéscar hasta que la Puebla de Don Fadrique se constituyó en municipio aparte a comienzos del siglo XIX.

La parroquia perteneció siempre a la archidiócesis de Toledo hasta que en 1953 pasó a formar parte de la diócesis de Guadix durante una reestructuración general de las diócesis